Seorang pelajar perempuan sekolah tinggi bernama Mitsuha Miyamizu tinggal di sebuah desa rekaan bernama Itomori di kawasan pergunungan daerah Hida, Jepun. Dia berasa bosan hidup di desa dan impikan dapat hidup sebagai seorang lelaki kacak dalam hidupnya yang seterusnya. Mitsuha mula bertukar jasad berkali-kali dengan Taki Tachibana, seorang pelajar lelaki sekolah tinggi di Tokyo, apabila mereka bangun. Mereka berkomunikasi antara satu sama lain dengan menulis pesanan pada kertas, telefon mereka, dan pada badan mereka sendiri. Mitsuha cetuskan hubungan antara Taki dengan rakan sekerjanya Miki, sementara Taki menjadikan Mitsuha semakin popular di sekolah sehingga budak-budak lelaki takut dengannya dan perempuan jatuh cinta dengannya.[7]

Satu hari, Taki, dalam badan Mitsuha, temankan nenek dan adik perempuannya untuk tinggalkan kuchikamizake (sake daripada beras atau bijiran yang dikunyah) dari upacara perayaan, dibuat oleh Mitsuha, sebagai persembahan kepada dewa di kuil gunung luar kampung. Kuil tersebut dipercayai melambangkan jasad dewa kampung mereka yang mengawal pengalaman dan hubungan manusia. Nota terakhir Mitsuha beritahu Taki yang sebuah komet akan lalu di langit semasa kampung adakan pesta.

Keesokan harinya, Taki bangun dalam badan dia. Selepas janji temu dia dan rakan sekerjanya tidak berjalan lancar, Taki cuba telefon Mitsuha tetapi tiada jawapan, dan pertukaran jasad mereka berhenti. Taki pun bercadang untuk pergi melawat Itomori, tetapi tidak tahu nama kampung itu, dan ingatannya dan semua pesanan Mitsuha tinggalkan mula lesap. Seorang pemilik restoran di Hida kenal gambar Itomori yang Taki dan beritahu dia yang komet pecah dua pada hari itu. Bahagian yang besar tetap ikut haluan asal tetapi yang kecil terhempas ke bumi dan membinasakan bandar mereka. Taki terjumpa nama Mitsuha dalam catatan kematian dan dapat tahu dengan tarikh bencana itu bahawa garis masa mereka terpisah sebanyak tiga tahun.

Taki pergi ke kuil untuk minum kuchikamizake Mitsuha, untuk cuba hubungi jasad dia dan amarankan dia tentang hempasan komet. Melalui bayangan, Taki sedari yang Mitsuha telah jatuh cinta dengannya semasa terjumpa Taki yang silam di Tokyo. Taki terbangun dalam badan Mitsuha semasa pagi pesta kampung; nenek Mitsuha menyimpulkan yang itu sebenarnya bukan Mitsuha, dan beritahu Taki yang pengalaman bertukar badan ini sering berlaku dalam keluarga Miyamizu sebagai penjaga kuil. Taki yakinkan kawan-kawan Mitsuha, Tessie dan Sayaka, untuk tolong kosongkan bandar dengan putuskan bekalan elektrik dan siarkan amaran kecemasan palsu, namun rancangan ini gagal. Dia sedar yang Mitsuha mesti ada dalam jasadnya dan pergi semula ke kuil untuk jumpa dia.

Mitsuha terbangun dalam badan Taki di kuil. Bila Taki sampai ke kuil saat matahari terbenam mereka saling bertermu, tetapi terpisah dengan tiga tahun. Tetapi, apabila senjakala tiba,[note 1] mereka kembali ke jasad mereka dan bertemu. Mereka cuba tulis nama mereka pada tangan supaya ingat satu sama lain, tetapi waktu senja tamat dan Mitsuha hilang sebelum sempat tulis namanya.

Apabila Mitsuha berlari balik ke kampung untuk yakinkan ayahnya yang tegas, Toshiki Miyamizu, juga datuk bandar Itomori, untuk kosongkan bandar, ingatannya tentang Taki mula pudar, dan tersedar di tangannya Taki tulis "Aku suka kau" dan bukannya nama dia.[8] Cebisan komet akhirnya jatuh ke Bumi, menghancurkan Itomori. Taki terbangun dalam garis masa dia di kuil, tanpa ingat apa-apa.

Lima tahun kemudian, Taki telah tamat pengajian di universiti dan sedang mencari kerja. Dia dapat rasakan dia kehilangan sesuatu yang penting dan dapat tahu penduduk Itomori terselamat setelah mengikut arahan datuk bandar untuk pindah ke tempat selamat. Satu hari, Taki dan Mitsuha terserempak semasa kereta api mereka berlalu, dan keluar untuk berjumpa. Akhirnya, mereka berjumpa di tangga. Taki tanya kalau mereka pernah berjumpa, dan Mitsuha pun rasa sama. Bertemu juga akhirnya, mereka bergenang air mata dan serentak bertanya nama.